传染性法氏囊病毒在美国已分离到变异株，由于抗原性的差异，用标准株生产的疫苗不能控制变异株引起的传染性法氏囊病。野毒的存在一方面是接种时鸡群内已潜伏有强毒病原微生物，或由接种人员及接种用具带入强毒病原微生物；另一方面是由于绿壳蛋鸡苗疫苗不能保护强毒的攻击，如火鸡疱疹病毒(HVT)对一般马立克氏病毒株有很高的预防效果，但是对超强毒株抵抗保护性不强，若用HVT疫苗免疫，常常造成免疫失败。

      绿壳蛋鸡苗的免疫抑制和免疫缺陷，免疫抑制，骨髓、脾脏、胸腺和法氏囊是鸡的免疫器官。传染性法氏囊病、马立克氏病、淋巴细胞性白血病、网状内皮增殖症、禽流感、腺病毒感染和鸡传染性贫血等，可以破坏鸡的免疫器官，引起免疫抑制。免疫缺陷，各种环境应激（高温、寒冷、饥饿、缺水、停电、噪声、有害气体）、真菌毒素、营养不全、抗菌药物、驱虫药物和其他化学药物等多种因素，都能影响鸡体的免疫应答能力，造成免疫失败。疫苗联合使用的相互干扰，不同疫苗之间的抑制作用一般的经验是经气雾、滴鼻、点眼或饮水进行新城疫免疫后，在7天内以同样方法接种传染性支气管炎疫苗时，其效果受影响；