在绿壳蛋鸡苗中期主要控制球虫病、支原体病和大肠杆菌病，尤其是地面垫料平养的，容易发生球虫病，同时注意法氏囊病和非典型新城疫病。使用新城疫、支气管炎活苗对鸡呼吸道影响较大，免疫后应马上用一次防支原体病的药物。法氏囊活苗对肠道有影响，易诱发大肠杆菌病，免疫后要用一次修复肠道的药物。如果有法氏囊病发生，应及时用药物治疗，早期肌内注射高免卵黄抗体，一定要控制住，否则后期非典型新城疫发生的概率很大。

预防球虫应选择几种作用方式不同的药物交替使用，注意耐药性及药物的蓄积中毒，尽量采取网上平养，使鸡粪与鸡分离，减少感染机会。饲养后期主要控制大肠杆菌、非典型新城疫及其混合感染，同时密切关注温和性流感的出现。细，细是做细，具体是把工作做细，管理做细，流程管细。饲养绿壳蛋鸡苗管理的每个环节都要做细。消毒不能走过场，要严格按照消毒程序一步一步地完成，比如第一步是清理地面、墙面、屋顶及笼具的灰尘、污渍、蜘蛛网等，如果清理不彻底，将严重影响消毒剂药效的发挥，所以必须做细做实，不留死角。